Kui tsöliaakiahaige sööb nisus, rukkis või odras leiduvat gluteeni, läheb kõik hästi, kuni gluteen jõuab peensoolde.
Esimene asi, mis valesti läheb, on see, et teravili paneb keha – kõigil inimestel, mitte ainult tsöliaakiatel – tootma liiga palju valku zonuliini. See liig põhjustab peensoole rakkudevaheliste ühenduste liigset avanemist. Vereringesse võivad sattuda kõikvõimalikud asjad – näiteks toksiinid ja gluteenifragmendid – seda seisundit nimetatakse lekkiva soole sündroomiks.
Tsöliaakiaga inimestel näeb keha gluteeni fragmente sissetungijatena – toksiine, mida seal olla ei tohiks. Seega käivitab see täieliku rünnaku nende sissetungijate vastu, kuid keha ründab ka iseennast, mistõttu liigitatakse tsöliaakia autoimmuunhaiguseks.
Täpsemalt, keha ründab peensoole limaskestal olevaid villi. Kuna villid tükeldatakse – tehniline termin on nüri –, ei saa need toitaineid enam nii tõhusalt omastada. Sellepärast näete malabsorptsiooni (toitainete halb imendumine) ja toitainete puudujääke tsöliaakiaga inimestel, kes ikka veel gluteeni söövad.
Kuna toit lihtsalt läbib, ilma et see imenduks nii, nagu see peaks olema, kannatavad tsöliaakiad mõnikord kõhulahtisuse all. Peensool on peaaegu 22 jalga pikk ja tsöliaakia kahjustus algab ülemisest osast – seega on palju peensoolt, et kompenseerida kahjustatud osa, mis ei suuda oma tööd teha. See tähendab, et selleks ajaks, kui teil tekib kõhulahtisus, olete tavaliselt väga haige kutsikas.