Ko nekdo s celiakijo poje gluten, ki ga najdemo v pšenici, rži ali ječmenu, gre vse v redu, dokler gluten ne pride v tanko črevo.
Prva stvar, ki gre narobe, je, da žito povzroči, da telo – pri vseh ljudeh, ne le pri celiakiji – proizvede preveč beljakovinskega zonulina. Ta presežek povzroči, da se stičišča med celicami v tankem črevesu preveč odprejo. Vse vrste stvari - kot so toksini in delci glutena - lahko pridejo v krvni obtok, stanje, znano kot sindrom uhajajočega črevesja.
Pri ljudeh s celiakijo telo vidi delce glutena kot vsiljivce – toksine, ki jih ne bi smelo biti. Tako sproži vsestranski napad na te vsiljivce, telo pa napade tudi samo sebe, zato je celiakija razvrščena kot avtoimunska bolezen.
Natančneje, telo napada resice na sluznici tankega črevesa. Ko se resice posekajo – tehnični izraz je otopel –, ne morejo biti več tako učinkovite pri absorpciji hranil. Zato opazite malabsorpcijo (slabo absorpcijo hranil) in prehranske pomanjkljivosti pri ljudeh s celiakijo, ki še vedno jedo gluten.
Ker hrana samo prehaja skozi, ne da bi se absorbirala tako, kot bi morala biti, bolniki s celiakijo včasih trpijo za drisko. Tanko črevo je dolgo skoraj 22 metrov, poškodbe zaradi celiakije pa se začnejo v zgornjem delu – tako da je veliko tankega črevesa, ki nadomesti poškodovani del, ki ne more opravljati svojega dela. To pomeni, da ste v času, ko razvijete drisko, običajno zelo bolan mladič.