Quan algú amb malaltia celíaca menja el gluten que es troba en el blat, el sègol o l'ordi, tot va bé fins que el gluten arriba a l'intestí prim.
El primer que va malament és que el gra fa que el cos, en tots els humans, no només en celíacs, produeixi massa proteïna zonulina. Aquest excés fa que les unions entre cèl·lules de l'intestí prim s'obrin massa. Tot tipus de coses, com ara toxines i fragments de gluten, poden entrar al torrent sanguini, una condició coneguda com a síndrome de l'intestí permeable.
En les persones amb malaltia celíaca, el cos veu els fragments de gluten com a invasors, toxines que no haurien d'estar allà. Així que llança un atac total contra aquests invasors, però el cos també s'ataca a si mateix, per això la celíaca es classifica com una malaltia autoimmune.
Concretament, el cos ataca les vellositats del revestiment de l'intestí prim. A mesura que es tallen les vellositats, embotit és el terme tècnic, ja no poden ser tan eficaços per absorbir nutrients. És per això que veus malabsorció (mala absorció de nutrients) i deficiències nutricionals en persones celíaques que encara mengen gluten.
Com que el menjar només passa sense ser absorbit com se suposa que ha de ser, els celíacs de vegades pateixen diarrea. L'intestí prim fa gairebé 22 peus de llarg, i el dany de la malaltia celíaca comença a la part superior, de manera que hi ha molt intestí prim per compensar la part danyada que no pot fer la seva feina. Això vol dir que quan desenvolupeu diarrea, normalment sou un cadell molt malalt.