Kada netko s celijakijom jede gluten koji se nalazi u pšenici, raži ili ječmu, sve ide dobro dok gluten ne dođe u tanko crijevo.
Prva stvar koja ide po zlu je da žitarice uzrokuju da tijelo - kod svih ljudi, ne samo kod celijakije - proizvodi previše proteina zonulina. Taj višak uzrokuje da se spojevi između stanica u tankom crijevu previše otvaraju. Sve vrste stvari - poput toksina i fragmenata glutena - mogu ući u krvotok, stanje poznato kao sindrom propuštanja crijeva.
Kod osoba s celijakijom tijelo vidi fragmente glutena kao napadače — toksine koji ne bi trebali biti tamo. Dakle, pokreće sveobuhvatan napad na ove napadače, ali tijelo također napada samo sebe, zbog čega se celijakija svrstava u autoimunu bolest.
Točnije, tijelo napada resice na sluznici tankog crijeva. Kako se resice usitnjavaju - tehnički je izraz zatupljene - one više ne mogu biti tako učinkovite u apsorpciji hranjivih tvari. Zato vidite malapsorpciju (loša apsorpcija hranjivih tvari) i nutritivne nedostatke kod osoba s celijakijom koje još uvijek jedu gluten.
Budući da hrana samo prolazi, a da se ne apsorbira na način na koji bi trebala biti, oboljeli od celijakije ponekad pate od proljeva. Tanko crijevo dugačko je gotovo 22 metra, a oštećenja od celijakije počinju u gornjem dijelu — tako da postoji mnogo tankog crijeva da nadoknadi oštećeni dio koji nije u stanju obaviti svoj posao. To znači da ste u trenutku kada dobijete proljev obično jako bolesno štene.