Når en person med cøliaki spiser gluten, der findes i hvede, rug eller byg, går alt fint, indtil gluten når tyndtarmen.
Det første, der går galt, er, at kornet får kroppen - hos alle mennesker, ikke kun cøliakere - til at producere for meget af proteinet zonulin. Dette overskud forårsager, at overgangene mellem celler i tyndtarmen åbner sig for meget. Alle mulige ting - som toksiner og glutenfragmenter - kan komme ind i blodbanen, en tilstand kendt som leaky gut syndrome.
Hos mennesker med cøliaki ser kroppen glutenfragmenter som angribere - toksiner, der ikke burde være der. Så den lancerer et altomfattende angreb mod disse angribere, men kroppen angriber også sig selv, hvorfor cøliaki er klassificeret som en autoimmun sygdom.
Specifikt angriber kroppen villi på slimhinden i tyndtarmen. Efterhånden som villi bliver hugget ned - stump er det tekniske udtryk - kan de ikke længere være så effektive til at absorbere næringsstoffer. Det er derfor, man ser malabsorption (dårlig optagelse af næringsstoffer) og ernæringsmæssige mangler hos personer med cøliaki, som stadig spiser gluten.
Fordi maden bare passerer igennem uden at blive absorberet, som den skal være, lider cøliakere nogle gange af diarré. Tyndtarmen er næsten 22 fod lang, og skader fra cøliaki starter ved den øvre del - så der er masser af tyndtarm til at kompensere for den beskadigede del, der ikke er i stand til at udføre sit arbejde. Det betyder, at når du udvikler diarré, er du normalt en meget syg hvalp.