Τα πλεονεκτήματα της τεχνολογίας κυψελών καυσίμου υδρογόνου είναι τεράστια γιατί δεν εκπέμπει καθόλου εκπομπές. Το υδρογόνο είναι ένας δυνητικός καταλύτης για την ενέργεια για επιχειρήσεις κοινής ωφέλειας καθώς και για τις μεταφορές, αν και πολλά προβλήματα εμποδίζουν το υδρογόνο ως πρακτική εφαρμογή για την τροφοδοσία καυσίμων στις μεταφορές:

Το υδρογόνο μπορεί να είναι η καθαρή πηγή ενέργειας του μέλλοντος.
-
Οι κυψέλες καυσίμου υδρογόνου είναι εύθραυστες, ειδικά σε χαμηλές θερμοκρασίες, γεγονός που δημιουργεί πρόβλημα στη χρήση οχημάτων σε ανώμαλους δρόμους και σε βόρεια κλίματα.
-
Οι κυψέλες καυσίμου υδρογόνου είναι μια πολύ πιο ακριβή τεχνολογία από τους κινητήρες εσωτερικής καύσης, γεγονός που περιορίζει την προσιτή τιμή τους για ένα ευρύ φάσμα για τους καταναλωτές.
-
Απαιτείται μεγαλύτερος όγκος υδρογόνου για να ληφθεί η ίδια ποσότητα ενέργειας σε σύγκριση με τη βενζίνη, επομένως αυτή τη στιγμή το υδρογόνο πρέπει να συμπιεστεί, το οποίο με τη σειρά του παίρνει περισσότερη ενέργεια, μειώνοντας τις φιλικές προς το περιβάλλον δυνατότητες του.
-
Ειδικοί σταθμοί ανεφοδιασμού πρέπει να κατασκευαστούν σε όλη τη χώρα, αυξάνοντας το κόστος για την εισαγωγή της τεχνολογίας.
Η χρήση κυψελών καυσίμου υδρογόνου στα οχήματα είναι ένας τομέας ανάπτυξης που αξίζει να προσέξουμε. Οι ερευνητές εργάζονται για να ξεπεράσουν τις προκλήσεις του και είναι πιθανό η τεχνολογία να φτάσει στο σημείο όπου οι κυψέλες καυσίμου υδρογόνου μπορούν να εφαρμοστούν στο μέλλον.