Výber liečby GI stromálnych tumorov závisí od mnohých faktorov, ako je štádium ochorenia, možné vedľajšie účinky, želania a celkový zdravotný stav pacienta.
Karcinoidný syndróm, ktorý sa vyvíja u niektorých ľudí s karcinoidnými nádormi, je charakterizovaný sčervenaním kože, hnačkou, dýchavičnosťou a búšením srdca. Ak sa tento syndróm nelieči včas, môže spôsobiť život ohrozujúce komplikácie.
Gastrointestinálny stromálny tumor (GIST) zvyčajne nemá žiadne špecifické príznaky alebo je veľmi nejasný, ľahko zameniteľný s inými ochoreniami.