Kreft forekommer hyppig hos alle hunderaser, og noen raser er disponert for visse typer kreft. Dessverre er schæferhunden en av dem.
For eksempel ses hemangiosarkom, en ondartet kreft i sirkulasjonssystemet, oftere hos schæferhunder enn hos noen annen rase. Ingen screeningtester er tilgjengelig, og den arvelige komponenten, hvis noen, er ikke kjent. Oftest oppstår hemangiosarkom som en svulst på milten eller hjertet. Når svulsten vokser, kan det oppstå indre blødninger. Berørte hunder kan plutselig virke desorienterte, kollapse og vise tegn på hypovolemisk sjokk. De kan også være ekstremt tørste. Det mest merkbare er kanskje tannkjøttet deres er nesten hvitt.
Hvis svulsten er på milten, kan milten fjernes. Ikke alle svulster i milten er ondartede, så det er en god idé å ta en biopsi og vente på resultatene før du tar en beslutning. Hvis svulsten er ondartet, eller hvis den er på hjertet, er behandlingen vanligvis lite givende. Dessverre bukker de fleste hunder med hemangiosarkom enten for dens primære effekter (indre blødninger som ikke kan stoppes) eller for kreftspredning til andre organer.
Osteosarkom (beinkreft) forekommer hyppigere hos store raser, inkludert schæferhunden. Det utvikler seg oftest på et langt bein i et bein og kan noen ganger ses som en klump. Oftere merker eieren først at hunden halter; osteosarkom er veldig smertefullt. Eiere står overfor den forferdelige avgjørelsen om amputasjon som må tas raskt, siden tiden er avgjørende for å forhindre spredning til andre deler av kroppen. Hunder tilpasser seg tapet av et lem ganske enkelt, men faktorer som alder, vekt, leddgikt og andre leddproblemer spiller inn på hvor godt hunden kan takle bare tre ben. Dessverre, selv med den beste terapien, er overlevelsestiden for hunder med osteosarkom vanligvis bare noen få måneder.
Svulster i brystkjertel er blant de vanligste kreftformene hos hunder, og forekommer mest hos hunner som ikke ble sterilisert tidlig i livet. Spaying etter fylte 2 år gir ikke beskyttelsen mot brystkreft som tidligere spaying gjør. Omtrent 50 prosent av alle brystsvulster er ondartede. Terapi kan omfatte kirurgisk eksisjon og kjemoterapi.
Lymfosarkom er en annen av de vanligste kreftformene hos hunder. Denne kreften påvirker blod- og lymfesystemene; symptomer kan inkludere hevelse av lymfeknuter, spesielt i det nedre nakkeområdet og bak "knærne". Kjemoterapi kan forlenge livet til mange berørte hunder.