Предности технологије водоничних горивних ћелија су огромне јер уопште не испуштају емисије. Водоник је потенцијални катализатор енергије за комуналне услуге као и за транспорт, иако неколико проблема задржава водоник као практичну примену за снабдевање горивом транспорта:

Водоник би могао бити чист извор енергије будућности.
-
Водоничке горивне ћелије су крхке, посебно на ниским температурама, што ствара проблем за коришћење возила на неравним путевима и у северним климама.
-
Водоничке горивне ћелије су знатно скупља технологија од мотора са унутрашњим сагоревањем, што ограничава њихову приступачност за широк спектар за потрошаче.
-
Потребна је већа запремина водоника да би се добила иста количина енергије у поређењу са бензином, тако да тренутно водоник треба да се компримује, што заузврат одузима више енергије, смањујући његов еколошки потенцијал.
-
Посебне станице за допуну горива морају бити изграђене широм земље, што повећава трошкове увођења технологије.
Употреба водоничних горивних ћелија у возилима је област развоја на коју вреди обратити пажњу. Истраживачи раде на превазилажењу његових изазова и могуће је да би технологија могла да достигне тачку у којој се водоничне горивне ћелије могу имплементирати у будућности.