Kostir vetniseldsneytisfrumutækni eru miklir vegna þess að hún losar engan útblástur. Vetni er hugsanlegur hvati fyrir orku fyrir veitur sem og flutninga, þó að nokkur vandamál haldi vetni sem hagnýtri notkun til að knýja flutninga:
Vetni gæti verið hreini orkugjafi framtíðarinnar.
-
Vetnisefnaralar eru viðkvæmir, sérstaklega við kalt hitastig, sem skapar vandamál fyrir notkun ökutækja á holóttum vegum og í norðlægum loftslagi.
-
Vetnisefnaralar eru talsvert dýrari tækni en brunahreyflar, sem takmarkar hagkvæmni þeirra fyrir breitt úrval fyrir neytendur.
-
Stærra magn af vetni þarf til að fá sömu orku samanborið við bensín, þannig að eins og er þarf að þjappa vetninu saman, sem aftur tekur meiri orku og dregur úr vistvænni möguleikum þess.
-
Byggja þarf sérstakar eldsneytisstöðvar víðsvegar um landið sem eykur kostnaðinn við að kynna tæknina.
Notkun vetnisefnarafala í farartæki er þróunarsvið sem vert er að fylgjast með. Vísindamenn vinna að því að sigrast á áskorunum þess og hugsanlegt er að tæknin geti náð því stigi að hægt sé að innleiða vetnisefnarafala í framtíðinni.