Monet ihmiset katsovat villakoiria ja ajattelevat "froufroua", vaikka todellisuudessa villakoira kasvatettiin työskenteleväksi maatilan koiraksi. Ymmärtääksesi enemmän villakoiran taustasta, tässä on rodun alkuhistoria.
Kaikki koirat ovat suden jälkeläisiä, mikä saattaa selittää, miksi ne ulvovat sireeneille ja vastaaville. Alkuperäinen koira kesytettiin 13 000–17 000 vuotta sitten. Niistä varhaisista alkuvaiheista lähtien ihminen on luonut yli 300 rotua pienistä chihuahua- ja yorkshirenterriereistä jättiläiskokoisiin tanskansattoihin, irlanninsusikoiraan ja takkuisiin newfoundlandeihin. Jokainen rotu on kehitetty tiettyä tarkoitusta silmällä pitäen, ihmisen sylissä istumisesta ja seuralaisena olemisesta karjan ja omaisuuden vartiointiin kaatuneiden riistaiden noutamiseen.
Ajan myötä ihmiset alkoivat odottaa, että koirat pystyvät tekemään enemmän kuin heidän päätehtävänsä, koska on helpompaa ja halvempaa saada yksi koira tekemään monta työtä kuin erillinen koira jokaiseen tehtävään. Esimerkiksi villakoira kasvatettiin metsästämään ja hakemaan riistaa ja sillä olisi vaisto karjan paimentaa.
On vaikea sanoa, milloin ja missä villakoira syntyi erillisenä roduna. Roomalaiset kaivertivat villakoiria muistuttavia koiria haudoihin jo vuonna 30 jKr., ja ne oli kuvattu kreikkalaisissa ja roomalaisissa kolikoissa, mutta asiantuntijat eivät tiedä kuolivatko nuo koirat sukupuuttoon vai kehittyivätkö ne edelleen nykyaikaiseksi villakoiraksi.
Villakoita kutsutaan joskus "ranskalaisiksi villakoiksi", mutta rotua pidetään yleensä saksalaisena, vaikka sen todellinen alkuperämaa on epäselvä. Koirat Venäjältä ja Ranskasta vaikuttivat nykyaikaiseen villakoiraan, ja yksi teoria väittää, että villakoiran esi-isät olivat peräisin Portugalista tai Espanjasta.